Antes de explicarles como utilizar el tag nofollow dentro de su sitio les voy a explicar para que sirve hacer esto. El Pagerank de un sitio se transmite a las páginas en enlaza, pero dependiendo de la cantidad de enlaces que tenga el mismo, cada enlace tendrá más peso.

Por ejemplo si dicho sitio tiene 5 enlaces salientes, una quinta parte de su Pagerank irá para cada uno de esos cinco enlaces, en cambio si tiene 20 enlaces cada uno recibirá un 1/20 del total. Para controlar el flujo de Pagerank dentro de nuestro sitio y también hacia el de los demás podemos utilizar el tag nofollow.

Es decir, no vamos a eliminar los enlaces sino que vamos a indicarle a Google cuales son los que importan y cuales no. El uso de este tag es simple, sólo aplicamos rel="nofollow" a los enlaces que no queremos darle Pagerank, por lo que deberían quedar algo así:
<a xhref="http://web.com" rel="nofollow">Anchor text</a>.

Además podemos hacer que partes de nuestro sitio que no queremos que sean indexadas sean pasadas por alto por el GoogleBot. En mi caso, recientemente le dí una buena dosis de nofollow a este blog, por ejemplo, algunos enlaces a los cuales he aplicado esto fueron: el feed, la sección de contacto, los que están en el footer por ejemplo para validar el XHTML, los archivos del blog, etc.